Han pasado ocho años tras el escándalo del parque de diversiones para turistas InGen. Al igual que la situación económica y política, la cantidad de dinero disponible para la investigación de los dinosaurios ha disminuido considerablemente.
Alan Grant (Sam Neill), desesperado por continuar sus estudios en el área de la inteligencia de los Velociraptors, acepta la oferta de Paul Kirby (William H. Macy), un aventurero rico que junto a su esposa Amanda (Tea Leoni) le ofrecen dinero a cambio de que los acompañe a un tour aéreo de la Isla Sorna, otro parque de la compañía InGen. Localizada justo al lado de Isla Nublar, esta isla se ha convertido en un vívidero para las nuevas creaciones de John Hammond y para los fanáticos de las mismas.
Junto a su protegido, (Alessandro Nivola), Grant se da cuenta de que algo no funciona, cuando el piloto se dispone a aterrizar en la isla. Enojado y preocupado, Grant comienza a protestar, cuando de pronto, una enorme criatura se atraviesa en el camino, obligando al avión a estrellarse contra los árboles de la selva.
Atrapado una vez más en una isla habitada por los clones de dinosaurios, Grant descubre el verdadero motivo de sus anfitriones. Nunca tuvieron la intención de llevarlo a un tour de la Isla, pero a una expedición de rescate. Los Kirby realmente son una pareja de clase media, divorciada y reunida con el único propósito de encontrar a su hijo de 14 años, Eric (Trevor Morgan), quien desapareció en la Isla mientras estaba de vacaciones con el novio de Amanda. La pareja inventó este elaborado plan contando con la situación económica de Grant y el hecho de que el ya había visitado la Isla. Lo que no sabían era que la isla que Grant había visitado era la Isla Nublar, no la Isla Sorna.
En la búsqueda de Eric, el grupo ahora se tendrá que enfrentar a los nuevos monstruos creados por In Gen, incluyendo al temible Spinosauro, que caza en tierra al igual que por debajo del agua, y el Pteronadon volador. En este encuentro, Dr. Alan Grant se ve forzado por primera vez a enfrentar las implicaciones de su teoría sobre la inteligencia de los dinosaurios.
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