Junqueira comienza su recorrido por las pistas desde 1987 en las competencias regionales de Kart en Brasil, seis años más tarde termina cuarto en la clasificación general del circuito Sudamericano de esa categoría.

En 1994 este brasilero incursiona en la Fórmula 3 donde en su tercera temporada gana el campeonato Sudamericano por sus seis victorias, dos segundos puestos y diez pole positons.

No satisfecho con sus victorias en la Fórmula 3, da el paso a las competencias de la F3000 donde se corona campeón en el 2000, asimismo sirve de piloto de prueba de la carrocería Williams en Fórmula Uno.

Su primera temporada en la serie Cart comienza en el 2001 con el equipo Target Chip Ganassi.