Es 1964, en la parroquia de San. Nicolás en el Bronx. Un padre eclesiástico de mucha carisma, el padre Flynn se esmera por cambiar los reglamentos excesivamente estrictos del colegio, los cuales son fuertes apoyados por la Hermana Aloysius Beauvier, la directora con mano de hierro que cree en la disciplina y el poder del miedo. Los vientos del cambio político han empezado a arrasar al país y de hecho incluso el colegio acaba de aceptar su primer alumno negro, Donald Miller. Pero cuando la Hermana James inocentemente le comenta con la Hermana Aloysius que sospecha que el Padre Flynn le presta demasiada atención a Donald, la Hermana Aloysius se aferra a iniciar una cruzada para descubrir la verdad y expulsar a Flynn del colegio. Ahora la Hermana Aloysius sin contar con el menor indicio o prueba tendrá que sostener una batalla de voluntades con el Padre Flynn, una batalla que amenaza con distanciar la Iglesia y el colegio con consecuencias nefastas.