Cuando 9 abre los ojos por primera vez lo que ve es un mundo pos-apocalíptico donde no queda ni la menor huella de seres humanos. Por pura casualidad 9 descubre una pequeña comunidad de seres iguales a él que viven escondidos de las máquinas aterradoras que deambulan por la tierra para exterminarlos. Pese de ser el más nuevo del grupo, 9 los convence que no servirá de nada esconderse y que si han de sobrevivir es necesario tomar manos en el asunto; sólo así podrán descubrir por qué las maquinas buscan tan afanosamente su extinción. Como pronto descubrirán el futuro de la civilización dependerá de ellos.