Alex, Marty, Melman, Gloria, King Julien, Maurice y los pingüinos y los chimpancés se encuentran varados en las lejanas costas de Madagascar. Para afrontar la situación estos neoyorquinos prepararon un plan tan inverosímil que pudiera tener buenos resultados. Con extrema precisión militar los pingüinos repararon un viejo avión estrellado, bueno, hasta donde les permitió no del todo. Luego del despegue, esta tripulación poco común permanece en el aire lo suficiente para llegar al lugar más salvaje del planeta - las extensas sabanas de África donde los miembros de nuestra tripulación criada en el zoológico se encuentran por primera vez con especies iguales a las suyas por primera vez. África parece ser un sitio maravilloso - pero ¿será mejor que el hogar de ellos en Central Park en Nueva York?