Sosuke es un niño de cinco años que vive cerca del mar. Un día, rescata a un extraño pez rojo y lo nombra Ponyo, prometiéndole protegerlo por siempre. Lo que Susuke no sabe, es que Ponyo es un pez mágico que quiere quedarse a vivir con los humanos. La decisión de Ponyo de renunciar a su vida marina contradice un antiguo hechizo mágico que pone en peligro el equilibrio del mundo entero. Con su amistad y valentía, Susuke y Ponyo deberán impedir que cosas terribles ocurran al permanecer juntos por siempre.