Ya han pasado dos años desde que Sam Witwicky y los Autobots salvaron la raza humana de los invasores Decepticons. Ahora él se prepara para enfrentar el reto más grande de su vida: irse del hogar para ir a la universidad. Esto es algo que los Autobots comprenden demasiado bien. Al ser destruido Allspark, el planeta Cybertron que era el hogar de los Transformers ha dejado de ser habitable y los Autobots hacen todo lo posible para disfrutar la vida en la tierra, trabajando de cerca con los militares como parte del equipo ultra-secreto conocido como NEST. Mientras tanto los Decepticons aprenden algo que Sam desconoce: él mismo es quien tiene la llave que decidirá el resultado de la batalla entre el mal y el bien. Aquel deseo de vivir una vida normal y corriente tendrá que posponerse de nuevo. Con la ayuda de los Autobots, los soldados de NEST y Simmons un antiguo agente del Sector 7 adversario convertido ahora en aliado, Sam y su novia Mikaela tendrán que elucidar el secreto detrás de la presencia de los Transformers en el planeta y hacer sacrificios para salvar este hogar terrenal de una antigua amenaza que juró regresar para su venganza - el antiguo Decepticon llamado The Fallen.