Además, en 1989 Juan Pablo II ordenó una profunda
reestructuración del IOR y un año más tarde Marcinkus sustituido por
Giovanni Bodio al frente de la entidad que había presidido durante
diecisiete años.
El Vaticano también puso la administración de su banca en manos
de laicos con experiencia financiera probada, y creó mecanismos de
control para impedir la repetición de casos semejantes.
Además del arzobispo Marcinkus y los otros dos responsables del
IOR, de la bancarrota fraudulenta del Ambrosiano fueron acusadas una
treintena de personas, entre ellas el financiero Carlo de Benedetti,
que había sido presidente de la entidad de noviembre de 1981 a enero
de 1982, que fue condenado a seis años de prisión.
Marcinkus, por su parte, decidió dejar el Vaticano tras el
escándalo y se retiró a una parroquia de Detroit (EEUU).