
Para ese entonces, se notaba que la música lo era todo para Guerra quizás por encima de su propia familia. Juan Luis mencionó más tarde que en esa época solía tomar pastillas para dormir y tenía un vacio de paz que no lo llenaban todos los lauros que había recibido. Las continuas giras, mencionaba él, a veces no le daban tiempo para saber en que pais estaba.
Su siguiente álbum Fogaraté (1994), tuvo como punta de lanza el tema "La cosquillita" rescatando el merengue rápido folklórico conocido como Perico Ripiao al lado del acordeonista Francisco Ulloa y su conjunto. Además fusionó el merengue con el Soukus de Suráfrica ("Fogaraté, "El beso de la ciguatera"), compartiendo en el album con el mejor guitarrista del El Congo, Diblo Dibala. Este disco presentó el primer tema de Guerra cantado completamente en inglés, la hermosa "July 19th". El album tuvo una respuesta comercial limitada, buena para la mayoría de los artistas pero no estuvo regida por el alto standard establecido por Guerra en sus 3 previos álbumes. Varios factores incidieron en esto, la tendencia innovadora de Guerra, nunca atado a recetas comerciales, la baja promocional de su disquera y el creciente deseo de Juan Luis de tomarse un largo descanso. Durante la corrida del album, Guerra sólo hizo 2 conciertos (Rep. Dominicana y Puerto Rico en 1995). Antes se le vió promocionando en México y participando como invitado en el Festival de San Remo, Italia.
En 1995, Guerra se retira temporalmente de los escenarios trás su concierto de San Juan Puerto Rico en junio de 1995 y emprende una nueva faceta: funda una emisora de radio llamada Viva FM y un canal de televisión, Mango TV, mediante los cuales se proponía difundir los mejores talentos musicales de su país.
Ese año sale a la venta la compilación "Grandes Exitos de Juan Luis Guerra y 4.40" obteniendo gran respuesta en ventas.
En 1996 aproximadamente, Juan Luis se convierte al cristianismo.
Después de 4 años de silencio discográfico y saliendo de lo que muchos pensaban era un retiro definitivo, Guerra presenta el disco Ni es lo Mismo ni es Igual (1998) con el cual obtuvo en el año 2000 tres premios en la primera emisión de Latin Grammy Awards (Premios Grammy Latinos). Con éste album Juan Luis colocó consecutivamente los temas "Mi PC" y "Palomita Blanca" en el lugar #1 del conocido "Hot Latin Tracks" de la revista Billboard. No obstante fue "El Niágara en bicicleta" el tema más popular de ése album.