
En el 2001, sale a la venta la compilación "Colección Romántica", lo mejor de las baladas y bachatas de Juan Luis incluyendo 4 versiones de sus propios temas, destacándose "Quisiera" (grabada originalmente a ritmo de salsa) versión soft-rock y la balada "Tú" (originalmente en merengue) que estuvo sonando en la radio.
En el 2003, la canción "Te necesito" de su autoría ocupa la primera posición del Hot Latin Tracks de Billboard, en la voz de Luis Miguel.
En Agosto de 2004, luego de 6 años de no producir un álbum de estudio, sale a la luz el disco "Para Tí". Este album, dedicado completamente a Dios, es la forma de Juan Luis agradecer todo lo bueno que ha recibido de El, trás su conversión al evangelio. Este disco cuyas ventas rondan el millón de copias, recibió varios premios billboard y el Grammy Latino en las categorías "Mejor Album Cristiano" y "Mejor Canción Tropical" por el éxito "Las avispas".
Tras la sálida del disco Guerra organizó su gira de conciertos más extensa desde el Tour Areito en 1993, a esta le llamó "Tour 20 Años" y celebró durante el 2004, 2005 y principios del 2006, los 20 años de creación del grupo visitando: Aruba, Curazao, Puerto Rico, Venezuela, Colombia, Panamá, Ecuador, Estados Unidos, España, Holanda, Dinamarca, Italia, Santo Domingo y Chile en lo que fueron 28 exitosos conciertos.
En el 2005 recibió el Premio "Billboard Espíritu de Esperanza" por la labor filantrópica al frente de la fundación que lleva su nombre.
En febrero del 2006 fué invitado especial y cantó en la apertura del concierto de la legendaria agrupación The Rolling Stones en San Juan, Puerto Rico. También en febrero, Guerra cantó por 3ra vez en su carrera en el Festival de Viña del Mar en Chile donde recibió La Antorcha de Oro, premio de la audiencia por su memorable actuación. En marzo dió los últimos 3 conciertos de ésta gira visitando Bogotá y Cali en Colombia y el Hard Rock Live de Hollywood, Fl. en Estados Unidos. En Abril recibió un homenaje por la sociedad de cantautores BMI donde fué declarado Icono de la Música. Ese mismo mes participó en vivo junto al cantante británico Sting en el tema "fragile" para cerrar el concierto de éste último en Altos de Chavón, Rep. Dominicana. En Mayo, junto a Alejandro Sanz, Carlos Vives y otros artistas se unió a la causa de Juanes en el concierto Colombia sin Minas, efectuado con éxito en la ciudad de Los Angeles.
En la segunda mitad del 2006, Guerra ocupó los primeros lugares de popularidad en la radio con sendos temas a dúo con Diego Torres (Abriendo Caminos) y Maná (Bendita tu luz). Su colaboración con Maná se convirtió en un super éxito ocupando la posición #1 del Hot Latin Tracks de Billboard. Juan Luis participó además en el video del tema y cantó en vivo con el grupo en los premios Grammy Latinos celebrados en Nueva York y en los Premios Principales celebrados en España.