
Fallen fue lanzado el 4 de marzo de 2003 y obtuvo seis discos de platino sólo en los Estados Unidos, vendiendo catorce millones de copias en todo el mundo durante el 2003 y 2004, y convirtiéndose en uno de los ocho álbumes que ha permanecido más de un año en el Top 50 de la revista Billboard. Fallen estuvo en el Billboard Top 10 durante 43 semanas y ha sido certificado 6x platino. Hasta la fecha el cd fallen ha vendido 21.600.000 copias alrededor del mundo lo que a brindado un enorme exito a Evanescence
Mientras la banda promocionaba Fallen, la compañía de videojuegos Nintendo ofreció a la banda el encabezamiento del «Nintendo Fusion Tour». La banda aceptó la oferta y se volvió la banda principal para el Fusion Tour del 2003.
En contraste con el éxito comercial que estaba experimentando, la banda sufría una seria crisis interna que comprometió su existencia. Ben Moody, co-fundador del grupo, quien había sido compañero sentimental de Amy Lee durante años, decidió retirarse el 22 de octubre del 2003, en medio de una gira por Europa. El manager de la banda declaró que el futuro de Moody en relación a la banda era poco claro.
Lee tomó las riendas del grupo y con el apoyo del resto de los integrantes continuó la gira de la banda. La banda continuó como cuarteto hasta enero de 2004, en que Terry Balsamo se une al grupo como sustituto de Moody.
Durante el 2004 continuaron de gira hasta el 15 de agosto, dando un último concierto en el pueblo natal de la banda. La gira promocional de Fallen duró alrededor de un año y ocho meses. A finales del 2004, poco después de que se le otorgará el sexto disco de platino a Evanescence, lanzan el DVD Anywhere But Home que contiene un concierto en vivo de la banda en Le Zenith, París y una hora de «Detrás de Cámaras» ('Behind The Scenes'), junto a un tema inédito, «Missing», que se convirtió en un single para la radio. Anywhere But Home vendió 1 millón de copias en todo el mundo y marcó un récord de ventas en España siendo el DVD más vendido por un grupo en la historia de la música española.
El 14 de julio de 2006 fue confirmada la partida de Will Boyd, el bajista de la banda, por un vocal de Wind-up Records, la disquera de la banda, debido a que no quería participar en otra gran gira y sus deseos de mantenerse cerca de su familia. Lee lo contactó a través de EvBoard, un foro de Evanescence, en un mensaje dirigido a los fans y afirmó que su partida no afectaría a la banda a pesar de la molestia de buscar y contratar un reemplazo para Boyd.