
En 1993, Clapton, recibió 6 Grammys por Unplugged, entró en el Rock & Roll Hall of Fame como parte del grupo Cream (The Yardbirds habían entrado anteriormente). En cuanto a las grabaciones Clapton, aparece en varios álbumes tributo: Tribute To Curtis Mayfield, Stone Free: A Tribute To Jimi Hendrix, y Bob Dylan 30th Anniversary Concert.
En septiembre de 1994, se edita From The Cradle, que es el primer álbum de blues íntegro grabado por Clapton, en él se recogen una colección de temas clásicos. Ganó el Grammy al Mejor Álbum de Blues Tradicional en 1995 y vendió más de 3 millones de copias en U.S.A. siendo el disco de blues que más ha vendido de la historia.
En abril de 1996, se publica una nueva caja recopilatoria con el título Crossroads 2: Live In The Seventies, que consiste en actuaciones en directo grabadas durante los años 70, así como 4 temas en estudio inéditos. Clapton también obtuvo un gran éxito ese año con el tema Change The World. También participó en un concierto homenaje a Stevie Ray Vaughan y en el concierto Princes Trust en el Hyde Park de Londres.
En 1997, Clapton colaboró con Simon Climie en un álbum techno titulado Retail Therapy. Clapton también ganó otros 3 Grammy: Grabación del Año y Mejor Vocalista Pop Masculino por "Change The World" y compartió el Grammy a la Mejor Actuación Rock Instrumental por "SRV Shuffle", del álbum tributo a Steve Ray Vaughan. En marzo, Clapton publicó el álbum Pilgrim y en julio abrió una clínica para la rehabilitación de drogadictos y alcohólicos en la isla caribeña de Antigua con el nombre de Crossroads Center.
En 2004 publica un álbum homenaje al bluesman Robert Johnson: "Me And Mr. Johnson" que incluía 14 versiones de los 29 temas que grabó el maestro del blues del Mississippi durante su breve carrera en los años 30. Ese mismo año creo el Crossroads Guitar Festival.
En 2005 publicó tanto Back Home como Sessions For Robert J y un año después The Road to Escondido junto con J.J. Cale. En 2007, con motivo de la celebración de los 25 años de su tema 'Layla', Eric Clapton lanzó un doble CD recopilatorio con 36 temas con lo mejor de su carrera. Así mismo, publicó su Autobiografía, llamada Clapton: La Autobiografía. En el 2008 ha participado en conciertos, incluida la última gira con músicos como Doyle Bramhall II, Robert Randolph, Pino Palladino y Willie Weeks.
Con más de 63 años, Eric Clapton sigue siendo hoy día uno de los músicos más importantes de blues y rock , y una leyenda viva de la guitarra.